Il Programma Rete Natura 2000 di Basilicata è stato articolato in 3 fasi operative: 
Fase I: Analisi di campo con aggiornamento di dati e cartografie
Fase II: Redazione di Misure di Tutela e Conservazione
Fase III: Redazione di Piani di Gestione
Le risorse finanziarie impegnate: € 5.440.000
Fase I: risultati su 27 siti
Tipologie di habitat individuati in Basilicata: 53
Tipologie di habitat prioritari presenti: 11 (su 34 individuati in Europa)
Habitat di nuova segnalazione (mai segnalati in Basilicata): 7
Habitat di nuova indicazione (N) sui 27 siti monitorati: 123
Habitat segnalati con aumento della superficie (D) :7
Habitat segnalati con diminuzione della superficie per erronea segnalazione iniziale (F): 65
Habitat segnalati sui 27 siti monitorati per erronea segnalazione iniziale (A): 17
Specie individuate in Basilicata: 81 specie animali e vegetali (direttiva Habitat) e 77 (direttiva Uccelli)
Specie di nuova indicazione (N) su 27 siti monitorati: 239
Specie non avvistate su 27 siti monitorati: 42
Fase II - misure di tutela e conservazione
Sono stati interessati alla fase di “Misure di tutela e conservazione” 21 siti comunitari e perseguiti i seguenti obiettivi specifici:
Rilievo fito-sociologico di habitat e specie associate
Valutazione del grado di conservazione degli habitat e delle specie
Analisi dei ranges di distribuzione
Analisi di impatti e minacce
Progettazione di misure di tutela e conservazione che possono essere distinte in:
specifiche (da progettare ed applicare al territorio del sito comunitario)
incidenti (da progettare ed applicare all’area territoriale omogenea)
gestionali (da redigere per consentire una gestione coerente dei siti);
amministrative e regolamentari (attinenti a leggi, regolamenti, decreti, delibere)
